Kloset jongkok sebenarnya lebih baik dalam hal mengembangkan otot kaki, punggung, pelvis wanita, otot-otot pinggul, serta dapat memperbaiki
pernafasan dan konsentrasi. Posisi jongkok juga memungkinkan kotoran untuk lebih cepat dikeluarkan sampai tidak tersisa sehingga mencegah risiko terjangkit kanker usus besar.
Selain itu, penggunaan kloset jongkok dapat mencegah kontak langsung antara permukaan kloset dengan tubuh, untuk mencegah penularan berbagai penyakit atau infeksi. Dari segi pembersihan, kloset jongkok jauh lebih mudah dan lebih sedikit menggunakan air dalam sekali bilasan dibandung kloset duduk. Harganya pun lebih murah.
Namun, kloset jenis ini juga memiliki kekurangan. Kloset jongkok diduga bisa memicu timbulnya arthritis dan meningkatkan tekanan pada lutut. Karena itu, kloset jongkok tidak bisa digunakan oleh semua kalangan, terutama orang tua, orang cacat, atau penyandang obesitas karena akan menimbulkan rasa tidak nyaman. Kloset duduk bisa mengatasi hal ini. Bahkan, salah satu peneliti pernah mengungkapkan bahwa kloset duduk sangat bagus untuk mencegah wasir, mengurangi tekanan yang diperlukan saat buang air besar serta mengobati sembelit.
